1.静脉注射（全身性输入）
静脉注射是最常用和最简单的途径，并且允许输入大量的MSC。
注意患者使用MSC时，最好是提高肺部的血氧分压，至少是正常氧气含量的环境里。
2.局部介入注射
局部介入注射，包括联合生物材料的应用（例如用于矫形障碍的骨支架）、用于神经系统疾病的脊髓鞘内注射、用于呼吸系统疾病的气管内注射，都有利于MSC避开肺部的清除。
3.气管内注射
早产儿常伴随着支气管肺发育不良（BPD）的风险。一个小规模的临床实验验证MSC干预早产儿BPD的可行性：9名平均妊娠25.3周的早产儿的平均体重为793克；前3名BPD患儿的MSC剂量为1X107/kg，后6名BPD患儿的MSC剂量为2X107/kg；治疗7天后，支气管分泌液中的炎症因子浓度明显下降，呼吸严重程度评分改善明显。
4.结合生物支架
干细胞结合生物支架治疗难治性疾病，尤其是神经损伤性疾病，是一个新的治疗手段。